Sobre los valles submarinos del océano Pacífico colombiano emerge la Dorsal Malpelo, la cual es una cordillera submarina que pertenece al sistema de los Andes. Cuenta con una extensión aproximada de 1400 km, desde el golfo de Guayaquil (Ecuador) hasta el golfo de Urabá, en sentido Noreste-Suroeste. Esta isla es la cúspide de esta cordillera y constituye la única isla oceánica del Pacífico colombiano y tiene una extensión de 2900 metros de largo y 1300 metros de ancho aproximadamente (3.7 Km2). Posee 11 pequeños islotes dispuestos a su alrededor. En la actualidad el Santuario de Fauna y Flora Malpelo hace parte del Corredor Marino del Pacifico Oriental (CMAR), compuesto por cinco islas: Galápagos (Ecuador), Gorgona y Malpelo (Colombia), Coiba (Panamá) y Cocos (Costa Rica), que sirven como ruta migratoria para algunas especies marinas como: los tiburones martillos (Sphyrna lewini), tortugas marinas, entre otras.